Fakat Birinci Dünya Savaşı ve hemen sonrasında Kurtuluş Savaşı yıllarının etkisi ile yapımı gecikmiştir. Ancak yapı hiçbir zaman hükümet binası olarak kullanılmamıştır. Eskişehir'de eğitim binasına ihtiyaç duyulmasından dolayı Atatürk'ün emri ile orta öğretime hizmet veren bir yapıya dönüştürülmüştür. 21 Ekim 1932 tarihinde Atatürk Eskişehir Lisesi'ni ziyaret etmiştir.
Atatürk'ün direktifleriyle 1934-1935 ders yılı başında yeni binasına taşınmıştır. Odunpazarı sit alanı içerisinde yeralan yapı 1936 yılında tamamlanmıştır.